నిఫా వైరస్ ప్రధానంగా గబ్బిలాల ద్వారా వ్యాపిస్తుంది. గబ్బిలాలు తిన్న పండ్లు లేదా వాటి లాలాజలం, మూత్రం ద్వారా కలుషితమైన ఆహారం తినడం వల్ల మనుషులకు వైరస్ వ్యాపిస్తుంది. గబ్బిలాల నుండి పందులకు, తర్వాత మనుషులకు వ్యాపిస్తుంది. అరుదుగా ఆసుపత్రుల్లో రోగిని చూసే సమయంలో మనిషి నుండి మనిషికి కూడా వస్తుంది. కేరళలో ఎక్కువగా గబ్బిలాల వల్లే కేసులు వస్తున్నాయి.