మావోయిస్టులతో సంబంధాలు ఉన్నాయనే ఆరోపణలతో సాయిబాబాను 2014లో పోలీసులు అరెస్టు చేశారు. సెషన్స్ కోర్టు జీవితఖైదు తీర్పుపై ఆయన హైకోర్టులో అప్పీల్ చేశారు. యూఏపీఏ కేసులో పోలీసులు విధివిధానాలు పాటించలేదని కోర్టుకు తెలిపారు. దీంతో బాంబే హైకోర్టు 2022లో సాయిబాబాపై కేసును కొట్టివేసింది. కానీ వెంటనే మహారాష్ట్ర ప్రభుత్వం ఈ తీర్పును సుప్రీంకోర్టులో సవాల్ చేసింది. దీంతో సుప్రీంకోర్టు ఆయన విడుదలపై స్టే విధించింది. ఈ కేసును తిరిగి విచారించాలని బాంబే హైకోర్టును ఆదేశించింది. మరోసారి విచారించిన హైకోర్టు ప్రొఫెసర్ సాయి బాబాతో పాటు మరో ఐదుగురిని విడుదల చేసింది.