చేగువేరా 1965లో బొలీవియాకు వెళ్లి అక్కడి ప్రభుత్వానికి వ్యతిరేకంగా గెరిల్లా యుద్ధం ప్రారంభించాడు. కాంగో డెమొక్రటిక్ రిపబ్లిక్లో తిరుగుబాటుకు నాయకత్వం వహించడానికి బయలుదేరాడు. అక్కడ అతని ప్రయత్నం విఫలమైంది. 1966లో బొలీవియా దేశంలో మిలిటరీ ప్రభుత్వానికి వ్యతిరేకంగా పోరాడుతున్న విప్లవకారులకు నాయకత్వం వహించాడు. ఈ సమయంలోనే బొలీవియన్ సైన్యానికి చిక్కాడు. 1967 అక్టోబర్ 9న వల్లెగ్రాండె అనే ప్రాంతంలో ఆ సైన్యం ఆయన్ని చంపివేసింది.