దేశాన్ని మతప్రాతిపదికన విభజించడాన్ని గాంధీజీ తీవ్రంగా వ్యతిరేకించారు. 1946-47 సమయంలో 5000 మంది హింసకు ఆహుతి అయ్యారు. "దేశ విభజనో, అంతర్గత యుద్ధమో తేల్చుకోండి" అని ముహమ్మద్ ఆలీ జిన్నా హెచ్చరించాడు. చివరకు హిందూ ముస్లిం కలహాలు ఆపాలంటే దేశవిభజన కంటే గత్యంతరం లేదని కాంగ్రెస్ నాయకత్వం విభజనకు అంగీకరించింది. దేశ విభజనకు ఇష్టంలేకపోయినా సరే చివరకు గాంధీజీ ఒప్పుకొనక తప్పలేదు.