స్వామినాథన్ దేశ అత్యున్నత పురస్కారాలైన భారతరత్న, పద్మశ్రీ, పద్మ భూషణ్, పద్మ విభూషణ్ అవార్డులు అందుకున్నారు. హెచ్కె ఫిరోడియా అవార్డ్, ది లాల్ బహదూర్ శాస్త్రి నేషనల్ అవార్డ్, ఇందిరాగాంధీ ప్రైజ్ వంటి అవార్డులతోపాటు అంతర్జాతీయ అవార్డులైన రామన్ మెగసెసె, ఆల్బర్ట్ ఐన్స్టీన్ వరల్డ్ సైన్స్ అవార్డులు అందుకున్నారు. టైమ్ మ్యాగజైన్ విడుదల చేసిన ఆసియాలోని అత్యంత ప్రభావశీలురైన తొలి 20 మంది వ్యక్తులలో స్వామినాథన్ కూడా ఒకరు.